راهنمای خودآموزی با عنوان «راهنمای عملیِ ساخت آنتولوژی‌های پروتژه ۴ و ابزار CO-ODE» نوشته‌ی ماتیو هوریج از دانشگاه منچستر، به آموزش ساخت یک آنتولوژی درباره‌ی پیتزاها (به علت مثال‌های عملی و قابل فهمی که دارد) می‌پردازد. در سه فصب ابتدایی به معرفی مفاهیم پایه‌ای در یک آنتولوژی، روش نصب نرم‌افزارها و استفاده از آن‌ها پرداخته می‌شود. در فصل ۴ که مهم‌ترین فصل کتاب است، با عکس‌های و گرافیک فراوان روش ساخت یک آنتولوژی OWL در نرم‌افزار پروتژه آموزش داده می‌شود، شامل مواردی مانند ساخت کلاس‌های نام‌دار، کلاس‌های نامرتبط، سلسله‌مراتب کلاس‌ها، ویژگی‌ها، ویژگی‌های معکوس، انواع مختلف ویژگی‌ها، قیدها، استفاده از استنتاج‌گر و موارد حیاتی دیگر برای توسعه‌ی یک آنتولوژی. در فصل‌های باقیمانده نیز روش استنتاج مبتنی بر OWA، ساخت نمونه‌ها، روش کامنت‌گذاری در آنتولوژی، انواع قید‌ها، توصیف کلاس‌های پیچیده‌تر، و چند پلاگین کاربردی و پراستفاده آموزش داده می‌شود.

این راهنما یکی از معروف‌ترین راهنماهای موجود برای ساخت آنتولوژی و آشنایی با مفاهیم پایه‌ای آن است. در صورتی که موضوع پژوهش یا کار اصلی شما آنتولوژی نیست و صرفن از آن به عنوان ابزاری برای دستیابی به هدفی دیگر استفاده می‌کنید، این راهنما یکی از بهترین منابع برای شما می‌باشد. سادگی، متن روایت‌گونه، تمرین‌ها و گرافیک‌های کاربردی مطالعه‌ی این راهنما را برای همه‌ی کسانی که تازه وارد محیط عملی آنتولوژی‌ها شده‌اند واجب می‌سازد.